Γεννήθηκε τὴν 1η Ὀκτωβρίου τοῦ 1846 στὴ Σηλυβρία τῆς Θράκης ἀπὸ τὸν Δῆμο καὶ τὴν Βασιλικὴ Κεφάλα καὶ ἦταν τὸ πέμπτο ἀπὸ τὰ ἕξι παιδιά τους. Τὸ κοσμικό του ὄνομα ἦταν Ἀναστάσιος.
Μικρός, 14 ἐτῶν, πῆγε στὴν Κωνσταντινούπολη, ὅπου ἐργάστηκε ὡς ὑπάλληλος καὶ κατόπιν ὡς παιδονόμος στὸ σχολεῖο τοῦ Μετοχίου τοῦ Παναγίου Τάφου. Κατόπιν πῆγε στὴν Χίο, ὅπου, ἀπὸ τὸ 1866 μέχρι τὸ 1876 χρημάτισε δημοδιδάσκαλος στὸ χωριὸ Λίθειο. Τὸ 1876 ἐκάρη μοναχὸς στὴ Νέα Μονὴ Χίου μὲ τὸ ὄνομα Λάζαρος καὶ στὶς 15 Ἰανουαρίου 1877 χειροτονήθηκε διάκονος, ὀνομασθεῖς Νεκτάριος, ἀπὸ τὸν Μητροπολίτη Χίου, Γρηγόριο (1860 – 1877), καὶ ἀνέλαβε τὴν Γραμματεία τῆς Μητροπόλεως.
Τὸ 1881 ἦλθε στὴν Ἀθήνα, ὅπου μὲ ἔξοδα τοῦ Πατριάρχη Ἀλεξανδρείας Σωφρονίου Δ’ (1870 – 1899), σπούδασε Θεολογία καὶ πῆρε τὸ πτυχίο του τὸ 1885. Ἔπειτα, ὁ ἴδιος προαναφερόμενος Πατριάρχης, τὸν χειροτόνησε τὸ 1886 πρεσβύτερο καὶ τοῦ ἔδωσε τὰ καθήκοντα τοῦ γραμματέα καὶ Ἱεροκήρυκα τοῦ Πατριαρχείου Ἀλεξανδρείας. Διετέλεσε ἐπίσης πατριαρχικὸς ἐπίτροπος στὸ Κάιρο.
Στὶς 15 Ἰανουαρίου 1889, χειροτονήθηκε Μητροπολίτης Πενταπόλεως. Ἡ δράση του ὡς Μητροπολίτου ἦταν καταπληκτικὴ καὶ ἕνεκα αὐτοῦ ἦταν βασικὸς ὑποψήφιος τοῦ πατριαρχικοῦ θρόνου Ἀλεξανδρείας. Λόγω ὅμως φθονερῶν εἰσηγήσεων (αἰσχρῶν συκοφαντιῶν), πρὸς τὸν Πατριάρχη Σωφρόνιο, ὁ ταπεινόφρων Νεκτάριος, γιὰ νὰ μὴ λυπήσει τὸν γέροντα Πατριάρχη, ἐπέστρεψε στὴν Ἑλλάδα (1889).
Διετέλεσε Ἱεροκήρυκας (Εὐβοίας) (1891 – 1893), Φθιώτιδος καὶ Φωκίδας (1893 – 1894) καὶ διευθυντὴς τῆς Ριζαρείου Ἐκκλησιαστικῆς Σχολῆς στὴν Ἀθήνα (1894 – 1904).
Μετὰ τὸν θάνατο τοῦ Πατριάρχη Ἀλεξανδρείας Σωφρονίου (1899), ὁ Νεκτάριος ἐκλήθη νὰ τὸν διαδεχθεῖ, ἀλλὰ ὁ Ἅγιος ἀρνήθηκε. Στὰ κηρύγματά του, πλῆθος λαοῦ μαζευόταν, γιὰ νὰ «ρουφήξει» τὸ νέκταρ τῶν ἱερῶν λόγων του. Τὸ 1904 ἵδρυσε γυναικεία Μονὴ στὴν Αἴγινα, τῆς ὁποίας ἀνέλαβε προσωπικὰ τὴν διοίκηση, ἀφοῦ ἐγκαταβίωσε ἐκεῖ τὸ 1908, μετὰ τὴν παραίτησή του ἀπὸ τὴ Ριζάρειο Σχολή.
Ἔγραψε ἀρκετὰ συγγράμματα, κυρίως βοηθητικὰ τοῦ θείου κηρύγματος. Ἡ ταπεινοφροσύνη του καὶ ἡ φιλανθρωπία του ὑπῆρξαν παροιμιώδεις.
Πέθανε τὸ ἀπόγευμα τῆς 8ης Νοεμβρίου 1920. Τόση δὲ ἦταν ἡ ἁγιότητά του, ὥστε ἐπετέλεσε πολλὰ θαύματα, πρὶν ἀλλὰ καὶ μετὰ τὸν θάνατό του. Ἐνταφιάστηκε στὴν Ι. Μονὴ Ἁγίας Τριάδος στὴν Αἴγινα. Ἡ ἀνακομιδὴ τῶν Ἱερῶν λειψάνων τοῦ ἔγινε στὶς 3 Σεπτεμβρίου τοῦ 1953 καὶ στὶς 20 Ἀπριλίου τοῦ 1961 μὲ Πράξη τοῦ Οἰκουμενικοῦ Πατριαρχείου, διακηρύχθηκε Ἅγιος της Ὀρθόδοξης Ἐκκλησίας.