Ὁ ἱερὸς Ἰωάννης ὁ Χρυσόστομος, ἐπειδὴ δὲν ἔκανε διακρίσεις ἀνάμεσα στὰ πρόσωπα στὴν ἀπόδοση τοῦ δικαίου καὶ ἔλεγχε καὶ τὴν ἴδια τὴν βασίλισσα Εὐδοξία γιὰ τὶς παρανομίες καὶ τὶς ἀδικίες της, ἐξορίσθηκε δύο φορές, ἀλλὰ καὶ πάλι ἀνακλήθηκε ἀπὸ τὴν ἐξορία. Ἐξορίστηκε ὅμως καὶ πάλι γιὰ τρίτη φορά.
Ἡ ἔκπτωση τοῦ ἱεροῦ Χρυσοστόμου ἀπὸ τὸν Πατριαρχικὸ θρόνο προκάλεσε σχίσμα μέσα στὴν Ἐκκλησία. Ὀπαδοί του, ποὺ καλοῦνταν «Ἰωαννίτες», δὲν ἀναγνώριζαν τὸν διάδοχό του, παρὰ τὶς ἐπίμονες συστάσεις νὰ ὑπακούσουν στοὺς νέους ἐκκλησιαστικοὺς ἄρχοντες καὶ νὰ διαφυλάξουν τὴν ἑνότητα τῆς Ἐκκλησίας.
Ὁ Ἅγιος Ἰωάννης ὁ Χρυσόστομος ὁδηγήθηκε στὴν Κουκουσὸ καὶ ἀπὸ ἐκεῖ στὴν Ἀραβισσὸ καὶ ἔπειτα, στὶς 10 Ἰουνίου τοῦ ἔτους 404 μ.Χ., στὴν Πιτιούντα τοῦ Πόντου. Ἡ πορεία του μέχρι ἐκεῖ, ἦταν ὄχι μόνο περιπετειώδης, ἀλλὰ κυριολεκτικὰ μαρτυρική, γεμάτη ἀπὸ κακουχίες καὶ δεινοπαθήματα.
Ἐκεῖ λοιπόν, στὴν Πιτιούντα, ὁ ἔνσαρκος Ἄγγελος κλήθηκε ἀπὸ τὸν πάντων Δεσπότη στὶς αἰώνιες σκηνές, τὸ ἔτος 407 μ.Χ., ἐνῶ τὸ ἅγιο σκήνωμά του ἐνταφιάσθηκε στὰ Κόμανα τοῦ Πόντου μαζὶ μὲ τὰ ἅγια λείψανα τῶν Ἁγίων Μαρτύρων Βασιλίσκου καὶ Λουκιανοῦ, καθὼς εἶχε ἀποκαλυφθεῖ σὲ αὐτὸν ἀπὸ αὐτοὺς τοὺς ἴδιους διὰ νυκτερινῆς ὀπτασίας, ὅταν ἀκόμη ζοῦσε.
Τὸ σχίσμα τῶν «Ἰωαννιτῶν» ἀποκαταστάθηκε μὲ τὴν ἀνακομιδὴ τῶν ἱερῶν λειψάνων τοῦ Ἁγίου στὴν Κωνσταντινούπολη, τὸ ἔτος 438 μ.Χ., ἐπὶ Πατριάρχου Πρόκλου. Ἡ μεταφορὰ τῶν ἱερῶν λειψάνων ἀπὸ τὰ Κόμανα συνοδεύτηκε ἀπὸ μία ἐπιστολὴ – διαταγὴ τοῦ αὐτοκράτορα Θεοδοσίου Β’, υἱοῦ τοῦ Ἀρκαδίου καὶ τῆς Εὐδοξίας, ἡ ὁποία ἔγραφε:
«Ἐπιστολὴ Βασιλέως Θεοδοσίου πρὸς τὸν Οἰκουμενικὸ Πατριάρχην, Διδάσκαλο καὶ Πνευματικὸ Πατέρα Ἰωάννη τὸν Χρυσόστομο.
Ἐπειδή, Πάτερ τίμιε, θεωρήσαμε τὸ σῶμά σου νεκρό, ὅπως συμβαίνει μὲ τὰ ἄλλα, θελήσαμε ἁπλῶς νὰ τὸ πάρουμε καὶ νὰ τὸ μεταφέρουμε πρὸς ἐμᾶς. Γι’ αὐτὸ καὶ δικαίως ἀστοχήσαμε στὸν πόθο μας.
Ἀλλὰ σὺ τουλάχιστον, Πάτερ τιμιότατε, ποὺ δίδαξες σὲ ὅλους τὴν μετάνοια, συγχώρησέ μας ποὺ σὲ παρακαλοῦμε καὶ σὰν παιδιὰ ποὺ ἀγαπᾶμε τοὺς πατέρες μας ἐπίδωσέ μας τὸν ἑαυτό σου καὶ εὔφρανε μὲ τὴν παρουσία σου αὐτοὺς ποὺ σὲ ποθοῦν».
Αὐτὴ
τὴν ἐπιστολὴ τοῦ αὐτοκράτορα τὴν πῆγαν στὸν Ἅγιο καὶ τὴν τοποθέτησαν
πάνω στὴν λάρνακά του. Τότε ὁ Ἅγιος ἔδωσε τὸν ἑαυτό του στοὺς
ἀπεσταλμένους τοῦ αὐτοκράτορα καὶ ἔτσι αὐτοὶ μετέφεραν τὴν λάρνακα ποὺ
περιεῖχε τὸ ἅγιο λείψανο στὴν Κωνσταντινούπολη, χωρὶς νὰ κοπιάσουν
καθόλου. Ἡ ὑποδοχὴ τῶν ἱερῶν λειψάνων τοῦ Ἁγίου ὑπῆρξε παλλαϊκή.
Σύσσωμος λαός, κλῆρος καὶ μοναχοί, μὲ ἐπικεφαλῆς τὸν αὐτοκράτορα, τοὺς
αὐλικούς, τὴ σύγκλητο καὶ ὅλους τους ἄρχοντες, ὑποδέχθηκαν καὶ
προσκύνησαν μὲ σεβασμὸ τὰ λείψανά του. Μὲ πολὺ εὐλάβεια μετέφεραν ἀρχικὰ
τὴ λάρνακα στὸ ναὸ τοῦ Ἀποστόλου Θωμᾶ, στὰ Ἀμαντίου, ἔπειτα δὲ στὸ ναὸ
τῆς Ἁγίας Εἰρήνης. Ἐκεῖ ἔβαλαν τὸ ἅγιο λείψανο πάνω στὸ σύνθρονο καὶ
ἅπαντες ἐβόησαν: «Ἀπόλαβε τὸν θρόνο σου, Ἅγιε».
Στὴ συνέχεια ἡ λάρνακα τοποθετήθηκε σὲ αὐτοκρατορικὴ ἅμαξα καὶ
μεταφέρθηκε στὸ περιώνυμο ναὸ τῶν Ἁγίων Ἀποστόλων. Ἐκεῖ ἔβαλαν τὸ ἅγιο
λείψανο πάνω στὴν ἱερὴ καθέδρα καὶ ἔγινε τὸ θαῦμα: ὁ Ἅγιος ἐπεφώνησε
πρὸς τὸν λαὸ τὸ «Εἰρήνη πᾶσι». Ἔπειτα τὸ ἐναπέθεσαν μέσα στὸ Ἅγιο Βῆμα,
κάτω ἀπὸ τὴν Ἁγία Τράπεζα.
Ἡ
Σύναξη τοῦ Ἁγίου Ἰωάννου τοῦ Χρυσοστόμου ἐτελεῖτο στὸ πάνσεπτο ναὸ τῶν
Ἁγίων Ἀποστόλων. Ἱερὰ λείψανα τοῦ Ἁγίου Ἰωάννου τοῦ Χρυσοστόμου ἀφιέρωσε
διὰ χρυσοβούλλου στὴ Μονὴ Μεγίστης Λαύρας τοῦ Ἁγίου Ὄρους ὁ
αὐτοκράτορας Ἰωάννης Τσιμισκὴς (969 – 976 μ.Χ.) καὶ τεμάχιο τῆς
ἀριστερᾶς χειρὸς ὁ Ἀνδρόνικος ὁ Παλαιολόγος (1282 – 1328), διὰ
χρυσοβούλλου, τὸν Ἰούλιο τοῦ ἔτους 1284, στὴ Μονὴ Φιλοθέου του Ἁγίου
Ὅρους. Ἐπίσης, τμήματα τοῦ ἱεροῦ λειψάνου φυλάσσονται στὶς μονὲς
Βατοπαιδίου, Ἰβήρων, Ἁγίου Διονυσίου καὶ Δοχειαρίου.